[BACK]Return to lonr.pm CVS log [TXT] [DIR] Up to [LON-CAPA] / loncom / homework

Diff for /loncom/homework/lonr.pm between versions 1.1 and 1.5

version 1.1, 2009/04/17 00:34:51 version 1.5, 2009/06/19 14:03:19
Line 33  use IO::Socket; Line 33  use IO::Socket;
 use Apache::lonnet;  use Apache::lonnet;
 use Apache::response();  use Apache::response();
 use LONCAPA;  use LONCAPA;
   ### Commented out for now: use Tie::IxHash::Easy; # autoties all subhashes to keep index order
   
   my $errormsg='';
   
   #
   # Rcroak: for use with R-error messages
   #
   sub Rcroak {
      $errormsg=$_[0];
   }
   
   #
   #
   # Rpeel takes a string containing serialized values from R, 
   # peels off the first syntactically complete unit (number, string or array),
   # and returns a list (first unit, remainder).
   #
   sub Rpeel {
           my $x = $_[0];  # the string containing the serialized R object(s)
           if ($x =~ /^((?:i|d):(.+?);)(.*)$/) {
                   return ($1, $+);  # x starts with a number
           }
           elsif ($x =~ /^s:(\d+):/) {
                   my $n = $1;  # x starts with a string of length n
                   if ($x =~ /^(s:\d+:\"(.{$n})\";)(.*)$/) {
                           return ($1, $+);  # x starts with a valid string
                   } else {
                           &Rcroak('invalid string detected');
                   }
           }
           elsif ($x =~ /^a:/) {
                   # x starts with an array -- need to find the closing brace
                   my $i = index $x, '{', 0;  # position of first opening brace
                   if ($i < 0) {
                           &Rcroak('array with no opening brace');
                   }
                   my $open = 1;  # counts open braces
                   my $j = index $x, '}', $i; # position of first closing brace
                   $i = index $x, '{', $i + 1; # position of next opening brace (if any)
                   my $pos = -1;  # position of final closing brace
                   do {
                           if (($i < $j) && ($i > 0)) {
                                   # encounter another opening brace before next closing brace
                                   $open++;
                                   $i = index $x, '{', $i + 1;  # find the next opening brace
                           } elsif ($j > 0) {
                                   # next brace encountered is a closing brace
                                   $open--;
                                   $pos = $j;
                                   $j = index $x, '}', $j + 1;
                           } else {
                                   &Rcroak('unmatched left brace');
                           }
                   } until ($open eq 0);
                   # array runs from start to $pos
                   my $a = substr $x, 0, $pos + 1;  # array
                   my $b = substr $x, $pos + 1;     # remainder
                   return ($a, $b);
           } else {
                   &Rcroak('unrecognized R value');
           }
   }
   # --- end Rpeel ---
   
   #
   # Rreturn accepts a string containing a serialized R object
   # and returns either the object's value (if it is scalar) or a reference
   # to a hash containing the contents of the object.  Any null keys in the hash
   # are replaced by 'capaNNN' where NNN is the index of the entry in the original
   # R array.
   #
   sub Rreturn {
           my $x = $_[0];  # the string containing the serialized R object(s)
           $errormsg='';
           if ($x =~ /^(?:i|d):(.+?);$/) {
                   return $1;  # return the value of the number
           } elsif ($x =~ /^s:(\d+):\"(.*)\";$/) {
                   # string -- verify the length
                   if (length($2) eq $1) {
                           return $2;  # return the string
                   } else {
                           return 'mismatch in string length';
                   }
           } elsif ($x =~ /^a:(\d+):\{(.*)\}$/) {
                   # array
                   my $dim = $1;  # array size
                   $x = $2;  # array contents
                   tie(my %h,'Tie::IxHash::Easy'); # start a hash
                   keys(%h) = $dim; # allocate space for the hash
                   my $key;
                   my $y;
                   for (my $i = 0; $i < $dim; $i++) {
                           ($y, $x) = &Rpeel($x);  # strip off the entry for the key
                           if ($y eq '') {
                                   &Rcroak('ran out of keys');
                           }
                           $key = &Rreturn($y);
                           if ($key eq '') {
                                   $key = "capa$i";  # correct null key
                           }
                           ($y, $x) = &Rpeel($x);  # strip off the value
                           if ($y eq '') {
                                   &Rcroak('ran out of values');
                           }
                           if ($y =~ /^a:/) {
                                   $h{$key} = \&Rreturn($y);  # array value: store as reference
                           } else {
                           $h{$key} = &Rreturn($y);  # scalar value: store the entry in the hash
                           }
                   }
                   if ($errormsg) { return $errormsg; }
                   return \%h;  # return a reference to the hash
           }
   }
   # --- end Rreturn ---
   
   #
   # Rentry takes a list of indices and gets the entry in a hash generated by Rreturn.
   # Call: Rentry(Rvalue, index1, index2, ...) where Rvalue is a hash returned by Rreturn.
   # Rentry will return the first scalar value it encounters (ignoring excess indices).
   # If an invalid key is given, Rentry returns undef.
   #
   sub Rentry {
           my $hash = shift;  # pointer to hash
           my $x;
           my $i;
           if (ref($hash) ne 'HASH') {
                   &Rcroak('argument to Rentry is not a hash');
           }
           while ($i = shift) {
                   if (exists $hash->{$i}) {
                      $hash = $hash->{$i};
                   } else {
                      return undef;
                   }
                   if (ref($hash) eq 'REF') {
                      $hash = $$hash;  # dereference one layer
                   } elsif (ref($hash) ne 'HASH') {
                      return $hash;  # drilled down to a scalar
                   }
           }
   }
   # --- end Rentry ---
   
   
 sub connect {  sub connect {
    return IO::Socket::UNIX->new(Peer    => $Apache::lonnet::perlvar{'lonSockDir'}.'/rsock',     return IO::Socket::UNIX->new(Peer    => $Apache::lonnet::perlvar{'lonSockDir'}.'/rsock',
Line 61  sub rreply { Line 205  sub rreply {
 sub blacklisted {  sub blacklisted {
     my ($cmd)=@_;      my ($cmd)=@_;
     foreach my $forbidden (      foreach my $forbidden (
         '\? ','\?','%i\d+','%o','batch','block'          'read','write','scan','save','socket','connections',
        ,'compil','concat','describe','display2d','file','inchar'          'open','close',
        ,'includ','lisp','load','outchar','plot','quit'          'plot','X11','windows','quartz',
        ,'read','reset','save','stin','stout','stringout'          'postscript','pdf','png','jpeg',
        ,'system','translat','ttyoff','with_stdout','writefile'          'dev\.list','dev\.next','dev\.prev','dev\.set',
           'dev\.off','dev\.copy','dev\.print','graphics',
           'library','package','source','sink','objects',
           'Sys\.','unlink','file\.','on\.exit','error',
           'q\(\)'
      ) {       ) {
  if ($cmd=~/$forbidden/s) { return 1; }   if ($cmd=~/$forbidden/s) { return 1; }
     }       } 
Line 73  sub blacklisted { Line 221  sub blacklisted {
 }  }
   
 sub r_allowed_libraries {  sub r_allowed_libraries {
    return (     return ('boot','class','cluster','datasets','KernSmooth','MASS',
       "absimp","affine","atensor","atrig1","augmented_lagrangian","contrib_ode","ctensor","descriptive","diag",             'methods','mgcv','nlme','nnet','rpart','spatial',
       "eigen","facexp","fft","fourie","functs","ggf","grobner","impdiff","ineq","interpol","itensor","lapack",             'splines','stats','stats4','survival');
       "lbfgs","lindstedt","linearalgebra","lsquares","makeOrders","mnewton","mchrpl","ntrig","orthopoly",  
       "quadpack","rducon","romberg","scifac","simplex","solve_rec","sqdnst","stats","sterling","sym","units",  
       "vect","zeilberger");  
 }  }
   
 sub r_is_allowed_library {  sub r_is_allowed_library {
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.5

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>